康熙二年(1663)平南王尚可喜鑒於攻克廣州死難者眾，為安撫民心，乃自捐王俸，在龍藏寺舊址重建佛寺，建成後大雄寶殿高十八米，建築面積達一千二百七十七平方米，大雄寶殿正中供奉三尊以黃銅精鑄高各六米、各十噸的大佛像，時人稱「人過大佛寺，寺佛大過人」，當時佛寺之大，大佛之大，堪稱「嶺南之冠」大佛寺之名也由此而得。大殿用的巨型楠木柱為安南(今越南)王所捐贈，經近三百五十年仍完整無損，其建築藝術仿京師官廟兼具嶺南風格。